حصل وليد المرزوقي على جائزة الأكاديمي المتميز في التدريس بجامعة السلطان قابوس، ضمن تكريم نائب رئيس الجامعة للتميز الأكاديمي. وشمل عمله التعليمي تدريس علوم الحيوان وتغذية الدواجن، والمشاركة في تخطيط البرامج وتطوير محتوى المقررات في كلية العلوم الزراعية والبحرية.ساهم في إعداد برامج علوم الحيوان والتقنية البيطرية ومقارنتها ببرامج جامعية دولية، وقاد مراجعة البرنامج الأكاديمي لمرحلة البكالوريوس خلال 2018–2019. كما أعاد تنظيم مقررات أساسيات التغذية وتغذية الحيوان وإنتاج الدواجن والتدريب العملي في المزرعة، وأضاف مقرر التقنية الحيوية الحيوانية لطلبة البكالوريوس، ومقرر التغذية التطبيقية المتقدمة للدواجن لطلبة الدراسات العليا.تغطي هذه المقررات مستويات مختلفة من التعلم؛ من فهم العناصر الغذائية واحتياجات الحيوان، إلى تطبيق المعرفة في نظم الإنتاج والتدريب الميداني، ثم التخصص المتقدم في تغذية الدواجن. ويتيح تطويرها ربط الدراسة النظرية بموضوعات المزرعة والمختبر، مع توفير مواد تتناسب مع تدرج الطالب الأكاديمي. يجمع العمل التعليمي الموثق للمرزوقي بين تقديم المقرر ومراجعة بنية البرنامج الذي يضم المقررات، وهو نطاق أوسع من التدريس داخل قاعة واحدة أو الإشراف على نشاط طلابي منفرد.